Fokus masalah dalam penelitian ini adalah tentang Pengelolaan Pesantren. Pokok masalah tersebut selanjutnya dirumuskan ke dalam beberapa sub masalah atau pertanyaan penelitian, yaitu: Bagaimana Konsep Manajemen Pesantren dalam Mengembangkan Program Mujahadah Santri di Ponpes Darunur Al-Musthofa Palembang? Dan Bagaimana Implementasi Manajemen Pesantren dalam Mengembangkan Program Mujahadah Santri di Ponpes Darunur Al-Musthofa Palembang?
Jenis penelitian yang dilakukan adalah penelitian lapangan (field research). Penelitian lapangan (field research) dapat juga dianggap sebagai pendekatan luas dalam penelitian kualitatif atau sebagai metode untuk mengumpulkan data kualitatif. Ide pentingnya adalah bahwa peneliti berangkat ke‘lapangan’ untuk mengadakan pengamatan tentang sesuatu fenomenon dalam suatu keadaan alamiah atau ‘in situ’. Dalam hal demikian maka pendekatan ini terkait erat dengan pengamatan-berperan serta. Peneliti lapangan biasanya membuat catatan lapangan secara ekstensif yang kemudian dibuatkan kodenya dan dianalisis dalam berbagai cara.
Hasil penelitian bahwa pihak pesantren sangat menekankan tentang kepatuhan terhadap semua aturan ataupun peraturan yang diterapkan dalam lingkungan pesantren Darunur Al-Musthofa. Semua warga pesantren termasuk pimpinan, pengasuh, guru, dan seluruh santri harus ikut serta dalam rangka menjalankan aturan ataupun peraturan itu. Selain itu, program Mujahadah di Ponpes Darunur Al-Musthofa Palembang terlihat dari kesederhanaan hidup para santri yang ditinjau dari cara berpakaian, makan, dan hal-hal lainnya sudah dapat dikatakan sederhana dan jauh dari kemewahan. Dalam hal makanan dan minuman semuanya sudah diatur tersendiri oleh pesantren, begitu pula dengan dibatasinya perihal keuangan dan mengajarkan santri untuk hemat dan pandai mengatur keuangan juga bentuk dari mujahadah.